1号機は津波で冷却機能が失われ、核燃料棒の大部分が溶け落ちた炉心溶融(メルトダウン)が起きたとされる。東電によると、原子炉に真水を注入していたが12日午後2時53分に停止。午後3時36分に水素爆発が起きた。原子炉を冷却するため午後7時4分から海水の注水を始めたが、官邸にいた東電の社員が「再臨界の可能性があるという議論がある」という情報を福島第1原発の現地などに伝え、午後7時25分に注水を停止したとしている。
これに対して細野補佐官は、12日午後6時から官邸で海水注入の安全性などに関する会議で原子力安全委員会の班目春樹委員長が「海水注入で再臨界の危険性がある」と指摘した、と説明した。これを受け、菅直人首相が安全委と経済産業省原子力安全・保安院に対し、ホウ酸の活用など防止策の検討などを指示した。ただ、細野補佐官は「官邸側は注水を始めた事実そのものは知らなかった」と説明した。
その後、再臨界の心配はないと判断した菅首相は午後7時55分に海水注入を指示し、午後8時20分に注水が始まった。冷却水が中断したのは55分間で、保安院は海水注入が一時中断した影響について「現時点で分かっている影響は特にない」とした。