証券会社の収入として主要なものは、株式売買の取次トレーディング業務の手数料になります。 株を売買する時の手数料は、ネット証券が増えてきたこともあり、株式売買の取次手数料は安くなっていますが、SBI証券や楽天証券などのネット証券は信用取引の金利や貸株料などで収入を増やしているようです。
総合証券の大手証券会社は、新規発行の株や債券の引受や売出する際の手数料収入もあります。 アンダーライティング業務でのIPOの手数料も大きな収入となります。 また、アンダーライティング業務と似ているセリング業務での手数料もあります。
他にも自社のために株式売買をするディーラー業務での収入もあります。 資金が豊富な証券会社が取引に参加することで、株の売買が活発になり一般投資家にもメリットがあると言われます。 ただ、その一方で証券会社が自社売買の割合を増やすことで経営が不安定になったり、一般投資家との利害の衝突も起こったりする可能性があることから、保有できる証券の限度額が証券会社ごとに決まっています。
また、最近では、大手の総合証券会社などはアセットマネジメント業務（資産管理）に力を入れているようです。
2014年から少額投資非課税制度（NISA）が始まったこともあり、金融庁は顧客の長期的な資産形成に適した商品販売をすすめるなどを証券会社に働きかけています。 また大手の大和証券や野村証券では、プロが運用するラップ口座というものがあります。 資金を証券会社に預入をし、それをプロが運用しますが管理手数料がかかります。預入資産の2％程度だと言われます。 ただし、運用成績が2％以上のプラスであれば問題ないのですが、それ以下であっても管理手数料がかかり元本割れになってしまいます。 これだと意味がないので十分注意してください。
証券会社にとっての収入は、一般投資家にとっては費用だということを認識しておくといいでしょう。